在证实HACCP体系运作正常、产品的组成和可追溯性方面，微生物测试具有重要意义。通过追溯微生物测试数据，当生产不能得到有效控制或预防措施未能有效降低水平的时候，公司能够识别。而单纯的终产品测试效果就差得多了。例如，对于生肉和家禽的含量水平，就没有充分的数据用来判断什么情况是可接受"的。因而，终产品测试结果不能提供有用的数据，更不用说趋势分析，除了能证明当时的的含量之外，它不能解决、识别并消除食品污染问题。
HACCP的应用范围：HACCP是可广泛应用于简单和复杂操作的一种强有力的体系。它被用来保证食品的所有阶段的商品。生产者在实施HACCP时，他们不仅必须检查其产品和生产方法。还必须将HACCP应用于原材料的供应，直到成品储存，还必须考虑发售环节，直到包括消费终点在内。HACCP体系可同样应用于新产品或产品。引入HACCP将其应用于新产品、新生产方法或部分工艺都是很方便的。由于HACCP概念的普遍原则，是使人、财、物力用于需要和有用的地方。这一思想使HACCP在通常是缺乏人、财、物力的许多发展中国家成为极理想的工具。促使到21世纪初，在许多行业，HACCP都被采用，比如水产品、禽肉类、罐头、速冻蔬菜、果蔬汁、化妆品、餐饮业等行业中。其它新技术在HACCP体系中用处自从减少或消除有害的食品污染的HACCP体系发布以来，新技术在该体系的工艺中就发挥了重要的作用。例如，在整个生产过程中，新技术能有效地防止或消除食品的危害，将会被广泛地接受并采用。