优质酸菜闻起来有自然的酸味及发酵香气，无异味。经超标防腐剂处理的酸菜闻起来无酸菜的香气，有辛辣及窒息性气味并且可强烈刺激眼睛。发酵异常的酸菜有令人不愉快的味道。
酸菜中的“酸香”是植物酵素自然发酵使蔬菜中的植物糖分解，大部分由植物糖转化成酸性物质（有机酸），酸菜发酵过程中产生的有机酸、醇、氨基酸等形成了酸菜独特的鲜酸风味，有机酸是指一些具有酸性的有机化合物，有机酸可与醇反应生成酯，低级的酯是有香气的挥发性液体，高级的酯是蜂蜡状固体或很稠的液体。几种高级的酯是脂肪的主要成分。氨基酸的种类很多，其中的色氨酸能促进胃液及胰液的产生。氨基酸是一种营养物质，而不是一种活菌。
如果腌浸过程污染到了其它杂菌，那些杂菌能产生亚硝酸，有些能合成胺，二者发生反应生成亚硝胺，实验证明，亚硝胺能致癌。随着科学技术的发展，腌酸菜生产工艺也发生了质的变化。工业化生产的酸菜采用纯植物酵素，控温发酵，能抑制杂菌生长，所以不含有杂菌合成的致癌物质“亚硝胺”。
任何酸类活菌在没有加热煮熟前，都会变质繁殖，而且多次取出酸菜的过程中，也会将杂菌带入酸菜缸中，导致杂菌大量繁殖，所以酸菜要煮熟食用，对身体健康才有利。